Sejarah singkat Universitas Negeri Manado (UNIMA) dipandang perlu untuk dikemukakan agar dapat dipahami benang merah peran, fungsi, dan pengembangan UNIMA sejak dalam bentuk Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Manado. Pemahaman ini adalah dalam rangka memperkokoh arah pengembangan UNIMA ke depan sehingga tidak terlepas dari jati diri UNIMA itu sendiri.
Universitas Negeri Manado (UNIMA) sebelumnya bernama Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Manado (IKIP Manado). IKIP Manado pada awalnya berasal dari Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG), satu dari 4 (empat) PTPG yang pertama didirikan di Indonesia yaitu PTPG Batusangkar, PTPG Malang, PTPG Bandung, PTPG Tondano, berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 2450/ KB/ 1955 tanggal 22 September 1955. Sebagai Dekan PTPG Tondano yang pertama adalah Prof. Mr. G. M. A. Inkiriwang (1955-1956).
PTPG Tondano dalam perkembangannya mengalami perubahan-perubahan nama. Pada tahun 1956 PTPG diubah menjadi Fakultas Keguruan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Hassanudin (UNHAS) Makassar dan tetap dipimpin oleh Prof. Mr. G.M.A.Ingkiriwang (1956-1958) sebagai Dekan FKIP UNHAS. Dari Tahun 1958-1961 Prof. Drs. W.F.J.B.Tooy memimpin sebagai Dekan FKIP Unhas di Manado. Masih dalam kepemimpinan Prof.Drs. W.F.J.B.Tooy, terjadi dua kali perubahan nama yaitu tahun 1961 menjadi Universitas Sulawesi Utara dan Tengah (Unsuluteng) Manado, dan kemudian tahun 1963 berubah lagi menjadi IKIP Manado Cabang Jogyakarta, dan Prof. Drs. W.F.J.B.Tooy menjabat sebagai Dekan Koordinator IKIP Jogya sampai tahun 1965.
Tahun 1965 merupakan momentum penting karena IKIP Manado mulai berdiri sendiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri PTIP Nomor 38 tanggal 8 Maret 1965 Kepres Nomor 275 Tahun 1965 tanggal 14 September 1965 berkedudukan di Manado. Sebagai Ketua Konsorsium ditunjuk Brigadir Jenderal Soenandar Priyosoedarmo (1965-1966). Sejak tahun 1966 Prof. Drs. W.F.J.B. Tooy kembali dipercayakan menjadi Rektor IKIP Manado sampai dengan tahun 1970. Antara tahun 1970-1971 E.Hampp, MA ditunjuk sebagai pejabat sementara, dan Prof. Mr. G.M.A. Ingkiriwang tahun 1971-1973.Tahun 1973-1982 IKIP Manado dipimpin oleh Prof. Drs. E.A. Worang sebagai rektor. Dalam kurun waktu ini beberapa dosen ditugaskan studi doktor di IKIP Bandung dan IKIP Malang. Pada Tahun 1980 IKIP Manado membuka IKIP Cabang Gorontalo dan kemudian berkembang menjadi IKIP Gorontalo sekarang ini Universitas Negeri Gorontalo.
Pada tahun 1983 IKIP Manado dipimpin oleh Rektor Prof. DR. A. E. Sinolungan, SH pindah ke kampus baru, yaitu Kampus Tonsaru di Tondano dengan lokasi lahan ± 300 Ha. Bekas Kampus Kleak diserahkan pada UNSRAT. Prof. Dr. A.E. Sinolungan memimpin IKIP Manado selama dua periode. Penataan kampus IKIP Manado di Tondano dan pengembangan lainnya diteruskan oleh kepemimpinan dua rektor yaitu Prof. Dr. Max Wullur, M.Sc, dan Prof. Dr. J. Turang.
Dibawah kepemimpinan Rektor Drs. J.L.L. Lombok, SH, MSi, IKIP Manado mengalami perubahan bentuk yaitu ketika pada tanggal 13 September 2000 dikonversi menjadi Universitas Negeri Manado (UNIMA) berdasarkan SK Presiden Republik Indonesia No. 127 Tahun 2000 dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Bapak Yahya Muhaimin pada tanggal 14 Oktober 2000 dengan 6 buah Fakultas, dan mendapatkan perluasan mandat (wider mandate) untuk melaksanakan dua fungsi utama, yaitu menyelenggarakan program kependidikan dan program non kependidikan.
Sejak Tahun 2008, UNIMA dipimpin Prof. Dr. Ph. E.A. Tuerah, Msi, DEA sebagai Rektor periode 2008-2012, dan masih terus berlanjut pada periode kedua untuk Tahun 2012-2016. Pada kedua periode ini UNIMA melakukan modernisasi dengan membangun dan mengembangkan sarana dan prasarana dengan membangun sistem berbasiskan teknologi informasi dan komunikasi dalam mendukung visi UNIMA ke depan yaitu Bermutu, Unggul, dan Diperhitungkan.
Pada bulan September 2016, Unima resmi dipimpin oleh Prof.Dr. Julyeta P.A. Runtuwene, MS. Sebagai Rektor beliau tentunya memiliki visi kedepan yang akan menjadi landasan pengembangan program dan kegiatan operasional Unima. Visi Universitas Negeri Manado yang beliau usulkan pada periode 2016-2020 adalah, “Menjadi Universitas yang berkarakter, inovatif, dan unggul kompetitif”.
Pada bulan September 2020, Unima beralih kepemimpinan ke Prof. Dr. Deitje Adolfien Katuuk, M.Pd. Visi Universitas Negeri Manado yang beliau usulkan adalah "Unima Unggul dan Inovatif berdasarkan Mapalus."